Setelah sekian lama kes Altantuya ini berlangsung dan pelbagai khabar angin mengenai penglibatan Datuk Seri Mohd Najib Tun Razak, barulah kes ini dinafikan secara rasmi pada 1 Mei 2008. Semasa dan sebelum pilihan raya 2008, nama beliau diperkatakan oleh pihak pembangkang akan tetapi Timbalan Perdana Menteri Malaysia itu hanya 'mendiamkan' diri sahaja.[4]

Pada 1 Mei 2008, Datuk Seri Mohd Najib Tun Razak melalui setiausaha akhbarnya Datuk Tengku Sariffuddin Tengku Ahmad menafikan sekeras-kerasnya beliau terlibat secara langsung dan tidak langsung dengan kes pembunuhan kejam Altantuya Shaariibuu. Antara kenyataan dan penafian itu termasuklah:

• Tidak pernah mengenali wanita Mongolia itu dan tidak pernah bertemu dengan mangsa terbabit.[5][6]
• Dakwaan seorang saksi kes Altantuya bahawa Altantuya pernah makan bersama dengan Razak Baginda dan individu bernama 'Najib Razak' tidak pernah disahkan . Malahan kredibiliti saksi itu juga tidak pernah diteliti oleh pihak penyiasat mahupun pihak mahkamah.[7][8]
• Konon-kononnya ada sekeping gambar Altantuya dengan Razak Baginda dan 'Najib Razak' tidak pernah dibuktikan oleh mana-mana pihak termasuk oleh pemimpin utama pembangkang. Hanya wujud gambar rekaan yang terbukti palsu.
• Najib dan isterinya Datin Seri Rosmah Mansor tidak ada kaitan dengan pembunuhan Altantuya.
• Beliau juga tidak pernah menyokong permohonan visa Altantuya untuk datang ke Malaysia.[9]
• Beliau juga menafikan sengaja menghapuskan rekod Jabatan Imigresen Malaysia berhubung kedatangan Altantuya ke Malaysia.
• Semua kenyataan-kenyataan ini merupakan 'hearsay' yang tidak pernah dibuktikan kesahihannya. Malangnya artikel dalam Malaysia Today oleh Raja Petra Kamaruddin menyiarkan kenyataan itu seolah-olah ia adalah fakta sebenar.
• Kes pembunuhan Altantuya tidak bersangkut-paut dengan pembelian kapal selam yang dibeli oleh kerajaan Malaysia. Kementerian Pertahanan Malaysia memang ada membeli kapal selam tersebut tetapi tidak pernah melibatkan wanita bernama Altantuya.
• Namun beberapa individu-individu lain memang beliau kenali dan lantaran itu cuba menahan ditri dan mengelak daripada membuat sebarang kenyataan tentang kes Altantuya.
• Sebarang kenyataan daripada pihak eksekutif negara pasti mengundang salah faham dan dianggap sebagai mencampuri urusan mahkamah. Sehingga 1 Mei 2008, perbicaraan kes Altantuya masih berlarut-larut kepada isu-isu teknikal.[10]
• Pada 2011, Raja Petra mendakwa, beliau didesak dan dipengaruhi untuk berbuat demikian oleh beberapa individu yang tidak mahu Datuk Seri Mohd Najib Tun Razak mengambil-alih sebagai Perdana Menteri.[11]
• Pada 9 April 2015, Najib Razak telah ditemu bual khas dan mengulangi penafian tidak mempunyai kaitan dan mengenali Altantuya Shaariibuu.[12]